Тогда изменять имеющуюся. В любом случае надо будет еще заголовок корректировать соответственно (менять размер имеющейся секции или дописывать новую секцию).
OllyDBG - самый простой способ. Творишь в точке входа loadLibrary, вызов инструкций, что там были до этого, после чего сохраняешь результат. Ну, это если руками/плагином для ольки.