если консоль занята логом сервера, жмем alt + F2 (F3,F4), на приглашение пишем root, потом запускаем mc, в нем запускаем файл shutdown.sh (он остановит сервер), после того как сервер полностью остановится выходим из mc (F10), пишем в консоли halt,жмем ентер. все, через нек. время консоль будет корректно закрыта.