Бинарный установщик с заменой файлов вы имели ввиду? Если вам нужно именно пропатчить файлы то сделать это не так уж сложно. Есть масса программ кстати для создания патчей, вот [Ссылки могут видеть только зарегистрированные пользователи. ] на эту тему.
Ну а в первом случае все просто - [Ссылки могут видеть только зарегистрированные пользователи. ] - хороший пакет для создания инсталлеров.
Что касается программного способа то он не менее прост. Открыли файл [Ссылки могут видеть только зарегистрированные пользователи. ]-ом с параметров OPEN_EXISTING, а дальше посекторно тоесть по 512 байт считываем нужны куски файла функцией [Ссылки могут видеть только зарегистрированные пользователи. ], изменяем в памяти и пишем обратно [Ссылки могут видеть только зарегистрированные пользователи. ]-ом, установить текущее смещение в файле можно функцией [Ссылки могут видеть только зарегистрированные пользователи. ].